学校设有党群机构25个，17个学院，2个教学部。新疆农业大学是自治区重点建设的一所农业高等院校，前身为新疆八一农学院，是经毛主席和中央军委同意，由王震将军于1952年创建的本科高校。1995年4月21日经原国家教委批准，更名为新疆农业大学。
设置有农学院、林学园艺学院、草业与环境科学学院、水利与土木工程学院、机械交通学院、管理学院、经济贸易学院、动物医学学院、动物科学学院、外国语学院、人文学院、数理学院、国际教育学院 、继续教育学院、计算机信息工程学院、食品科学与药学学院、化学工程学院等17个学院，1个思想政治教学部及1个体育教学部。党群机构25个。
专业设置：草业科学、环境科学、农业资源与环境、地理信息系统、生态学、动物科学、水产养殖学动物医学、动物药学、资源环境与城乡规划管理、土地资源管理、公共事业管理、人力资源管理、法学、房地产开发与管理、应用化学、化学工程与工艺、机械设计制造及其自动化交通运输、农业机械化及其自动化、交通工程、农业电气化与自动化、电气工程及其自动化、新能源科学与工程、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、电子信息科学与技术、物联网工程、市场营销、农林经济管理、经济学、国际经济与贸易、旅游管理、会计学、工程管理、林学、园林、森林资源保护与游憩、生物科学、园艺、设施农业科学与工程、农学、植物保护、生物技术、种子科学与工程、动植物检疫、食品科学与工程、包装工程、食品质量与安全、药学、数学与应用数学、水利水电工程、农业建筑环境与能源工程、农业水利工程、土木工程、水土保持与荒漠化防治、水文与水资源工程、英语、汉语言、中国少数民族语言文学、国际商务、葡萄与葡萄酒工程等62个本科专业。
研究机构设置：西部干旱荒漠区草地资源与生态省部共建教育部重点实验室、教育部新农村发展研究院。农业部工程中心：新疆奶业工程技术研究中心、新疆水文水资源工程技术研究中心、农业部瓜果改良中心香梨分中心、自治区红枣工程技术研究中心、新疆果品加工保鲜工程技术中心、教育部棉花工程研究中心、新疆农业大学紫花苜蓿“新苜4号”原种扩繁基地、农业部西北草食动物营养与饲料科学观测试验站。
博士后科研流动站：畜牧学、作物学、水利工程、农林经济管理、园艺、草学。
学科方面学校建有1个国家重点学科——草业科学，1个国家重点学科培育学科——水利水电工程，1个国家部委重点学科——森林培育（国家林业局重点学科）10个自治区重点学科——水文学及水资源、水利水电工程、食品科学、作物遗传育种、果树学、土壤学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、森林培育、农业经济管理，1个自治区重点学科培育学科——土地资源管理。
全校在册教职工1583人，专任教师998人，行政人员213人。教辅人员82人，工勤人员229人，教师中高级职称475人，中级职称535人。有各类在校生20277人，其中专科生204人，本科生14690人，硕士研究生1662人，博士研究生193人。
